Giám mục Phụ tá Tp.HCM

Ngày 15 tháng 10 năm 2008, Giáo hoàng Biển Đức XVI công bố việc bổ nhiệm linh mục Phêrô Nguyễn Văn Khảm, hiện là Thư kí điều hành Hội đồng Giám mục Việt Nam, làm Giám mục phụ tá Tổng Giáo phận Thành phố Hồ Chí Minh, hiệu toà Trofimiana. Lễ tấn phong của ông được tổ chức ngày 15 tháng 11 năm 2008 tại Đại chủng viện Thánh Giuse Sài Gòn, do Hồng y - Tổng giám mục Tổng giáo phận Thành phố Hồ Chí Minh Gioan Baotixita Phạm Minh Mẫn chủ phong và hai giám mục phụ phong là Giám mục phụ tá Tổng Giáo phận Thành phố Hồ Chí Minh Giuse Vũ Duy Thống và Giám mục Phó Giáo phận Cần Thơ Stêphanô Tri Bửu Thiên.[9] Khẩu hiệu Giám mục của ông là "Hãy theo Thầy".

Ngoài phục vụ Giáo phận, ông còn có chương trình "Kinh thánh 100 tuần" được đánh giá là rất bố ích cho giáo dân, được nhiều người tìm học.[10]

Giám mục Chánh tòa Mỹ Tho

Ngày 26 tháng 7 năm 2014, Phòng báo chí Tòa Thánh loan tin Giáo hoàng Phanxicô quyết định thuyên chuyển giám mục Khảm làm giám mục chính tòa Giáo phận Mỹ Tho, kế nhiệm giám mục Phaolô Bùi Văn Đọc trước đó được điều về làm Tổng giám mục Phó Tổng giáo phận Thành phố Hồ Chí Minh tháng 9 năm 2013, và đã kế nhiệm làm Tổng giám mục sau khi Hồng y Phạm Minh Mẫn về hưu ở tuổi 80. Sau đó, ngày 30 tháng 8 cùng năm Tân giám mục Mỹ Tho Nguyễn Văn Khảm đã nhận ngai tòa tại nhà thờ chính tòa Mỹ Tho.

Ngày 13 tháng 7 năm 2016, Giáo hoàng Phanxicô bổ nhiệm Giám mục Khảm làm thành viên Quốc vụ viện Truyền thông của Tòa Thánh.[11] Giám mục Nguyễn Văn Khảm tham dự hội thảo 400 năm hình thành và phát triển chữ Quốc ngữ trong lịch sử loan báo Tin Mừng tại Việt Nam tại Trung tâm Mục vụ Tổng giáo phận Thành phố Hồ Chí Minh. Hội thảo kéo dài trong hai ngày 25 và 26 tháng 10 năm 2019 và do Uỷ ban Văn hóa trực thuộc Hội đồng Giám mục Việt Nam tổ chức.[12]

Trong hoàn cảnh Việt Nam chịu ảnh hưởng của dịch bệnh COVID-19, Giám mục Nguyễn Văn Khảm, trong tư cách Tổng Thư ký Hội đồng Giám mục Việt Nam đã ra thông cáo ngày 2 tháng 2 năm 2020, với nội dung khuyến khích giáo hữu cầu nguyện cho việc sớm trị được dịch bệnh, cũng như một số thay đổi trong phụng tự Công giáo tại Giáo hội Việt Nam trong tình hình dịch bệnh.[13]